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生物信息数据分析讲座
来源: 武汉轻工大学生物与制药工程学院
时间:2014年10月21日 00:00
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本周五10月24, 高通量测序生物信息培训讲座,有兴趣的可以参加,上午9点开始,下午4点结束。生化楼412。
专题一:生物信息数据分析平台的构建(9:30-10:30)理论+上机
1. Linux在生物信息中的应用
2. 生物信息分析中常用的Linux命令
用户权限介绍;软连接和硬链接介绍;环境变量配置介绍
3. 生物信息分析平台的初步建立
4. 生物信息云平台介绍及使用方法
5.生物信息基本技能
6. Linux Shell编程入门
专题二:转录组数据分析解读及实例操作(11:00-12:30)理论+上机
1. 介绍转录组数据分析的整体流程:包括de novo转录组分析、有基因组reference的转录组分析、microRNA分析等。
2. 转录组分析经验交流:包括测序量如何选择;测序质量如何评估;如何根据自己的实际情况选择mapping/denovo assembly软件;如何从转录组数据寻找生物学问题。
3. 基于二代RNA-seq的差异基因分析(参照序列):
主要利用tophat和cufflinks,cuffdiff以及cummeRbund等工具,实现reads的mapping, 转录本的重构,转录本的表达量计算,差异基因分析以及利用cummeRbund图形化展示cuffdiff的分析结果。GO、KEGG富集等功能分析。
专题三:基因组学数据分析解读及实例操作(13:30-16:00)理论+上机
1. 分析工具介绍
2. 平台数据介绍
3. 基因组常规分析和深度分析
4. 全基因组/外显子组测序分析介绍
5. 通过对NGS工具的安装、配置、运行来熟悉Linux环境下的生物信息分析软件;
6. 重测序的分析流程;
原始测序数据的质控及过滤估、拼接组装、SNPCalling等分析过程;FastQC、BWA、Samtools等工具的使用;
注意:学员可自备笔记本电脑。
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